Может дело в мастерстве и количестве энергии, которые необходимы для сложных трансформаций. То есть в теории генерировать тёмную материю они могли бы, но нет такого источника энергии, который позволил бы им это сделать.

Таки да. Если захотят, могут и переваривать. Другое дело что обычно у них в этом нет нужды, вот они и не заморачиваются. Вроде даже в какой-то серии Аметист жаловалась на несварение?

Понька Флаффл Пафф, попадает во Вселенную Стивена при помощи тёмного магического ритуала.
Она оказывается в доме Самоцветов - магических существ, охраняющих Землю. Самоцветы обладают способностью принимать форму различных существ и предметов. Дурачась, они принимают форму пони и пародируют её. Только Жемчуг в начале недоверчиво относится к новому существу в доме, однако, очарование Флаффл Пафф покоряет и её.
Насчёт последнего самоцвета в зелёном, простите, ничего сказать не могу, так как видел всего пару серий Вселенной Стивена и с этим персонажем не знаком.